Depois de 2 anos e meio de treino árduo com o ninja lendário Jiraya, Naruto Uzumaki regressa à sua terra natal, Konohagakure, preparado para enfrentar os seus caçadores, a organização de ninjas renegados, Akatsuki e salvar o seu melhor amigo Sasuke Uchiha das mãos de Orochimaru.
Junto a ele estão os restantes membros da sua velha equipa, Kakashi Hatake, o antigo mentor e Sakura Haruno agora discípula da quinta Hokage, Tsunade, que desenvolveu capacidades médicas extraordinárias, além de uma força sobre-humana e determinação ainda maiores. Mais tarde à equipa juntar-se-ão Tenzo,também conhecido por Yamato, um membro de elite da força ANBU, companheiro mais novo de Kakashi e com habilidades identicas às do primeiro Hokage, e Sai um jovem ANBU pertencente a uma facção mais militarista de Konoha, que aparentemente não possui emoções.
Akatsuki, a organização terrorista tem um objectivo muito especifico, que passa por obter o poder das 9 bestas sagradas com cauda, consideradas pelos ninjas como a arma suprema, uma fonte infinita de chakra. Os seus nove membros irão tentar capturar as pessoas que possuem esses monstros no seu interior a todo o custo, não olhando a meios para conseguir os seus fins. Naruto e Gaara, agora Kazekage, possuem respectivamente Kyuubi , a raposa das 9 caudas, e Shukaku o tanuki de 1 cauda. Estarão a salvo da organização?
Por outro lado vemos o caminho trilhado por Sasuke agora com Orochimaru, em busca da vingança contra o seu irmão, e a descoberta dos mistérios do clã Uchiha.
Esta segunda parte da história é muito mais violenta e possui maior carga dramática que a primeira, e mostra como é possível crescer e manter a esperança mesmo quando as situações são dificeis inevitaveis frustrantes e dolorosas.