A história transcorre durante o ano de 2059 e conta a vida de Alto Saotome, Ranka Lee e um ídolo pop chamado Sheryl Nome a bordo da frota Macross Frontier. Depois da guerra contra os alienígenas Zentradis, toda a Humanidade se espalhou pelo universo, a fim de garantir a sua sobrevivência , macross frontier faz parte de um esforço para manter e difundir a cultura da humanidade navegando pelo centro da Via Láctea com outra preocupação: repelir os ataques das criaturas conhecidas como Vajras.