Passando-se na Era Meiji, Un-Go conta a história de um detetive chamado Yuki Shinjuro, famoso por resolver alguns incidentes que rondam seu círculo de amizades. Yuki em uma de suas buscas por mistérios acaba encontrando um garoto chamado Inga, que parece ter um estranho “dom” de encontrar com muita facilidade tais casos. Agora os dois trabalharão juntos para resolver tais acontecimentos, mesmo com personalidades totalmente distintas.