Baseado nas séries Persona para playstation desenvolvido pela Atlus, está história se passa 10 anos após a história original do jogo de playstation 2 Persona 3. O cenário é a Cidade de Ayanagi, uma cidade próxima ao oceano japonês. É uma cidade futurista que foi construída para se recuperar da calamidade do " Síndrome da Apatia" que ocorreu a dez anos atrás. O estudante colegial Shin Kanzato e seu irmão caçula Jun, encontram com seu irmão Ryõ, que é o chefe de polícia da Cidade Ayanagi novamente após dez anos. Nesse tempo, séries de acontecimentos estranhos acontecem na Cidade Ayanagi tais como uma tripulação de um Submarino repentinamente desaparece, ou sintomas espirituais que incomodam o mundo após dez anos. Ryõ persegue a organização que está por trás destes incidentes, e se tornando envolvido nestes incidentes, Shin desperta o "Persona".