A história lembra o mundo de Higurashi no Naku Koro ni e Siren (PS2) e acontece em uma pequena vila isolada chamada Sotoba que tem aproximadamente 1300 habitantes. Os moradores de Sotoba viviam em paz com suas próprias culturas até que um dia começam a acontecer frequentemente casos misteriosos que criam pilhas de cadáveres, sem explicação de como faleceram. Shiki significa uma mistura de cadáver e demônio, e dentro da história se refere a um tipo de morto-vivo.
