Kuroi Mato acabou de entrar no fundamental, e no primeiro dia, alguém chama sua atenção, sua colega Takanashi Yomi. Elas são, aparentemente, opostos, mas o tempo que passam juntas apenas fortalece uma amizade crescente. Mas, quando elas entram no segundo ano do fundamental, elas ficam em classes separadas, e começam a ficar distantes uma da outra. Mas em algum lugar ao mesmo tempo… Em outro mundo, uma jovem garota com chamas azuis em seus olhos, Black Rock Shooter, enfrenta outra garota, que segura uma foice negra, Dead Master. E uma batalha para a morte começa a se revelar.