Contando com a presença de Naruto, Sakura e agora Shikamaru, o longa conta a história do envolvimento dos jovens shinobis com um exército comandado por um estranho cavaleiro, a procura de uma pedra nescessária para realizar o que desejam, e como cenário uma misteriosa fortaleza gigante localizada no interior de uma floresta a qual fica entre o País do Fogo e do Vento. Contamos ainda com a aparição com os shinobis da Areia, Gaara e Kankurou.