Em um futuro onde a linha que separa a definição entre homem e a máquina se tornou tênue, a Seção 9 é uma força tarefa chefiada por Aramaki Daisuke que lida com situações criminosas especiais que envolvam sequestro, homicídio e cyber-terrorismo. E a linha de frente da Seção 9 é comandada pela major Kusanagi Motoko, que junto com seus companheiros resolvem os casos com eficiência brutal. Porém, certo dia são envolvidos num caso não solucionado de 6 anos atrás que envolve uma figura misteriosa conhecida apenas como Homem-Risonho. E consequentemente eles começarão a ver o quão funda é a corrupção que existe no governo do qual estão empregados.
