O primeiro episódio começa com o misterioso suicídio de uma estudante do ensino médio Chisa Yomoda. Chisa é colega de classe de Lain Iwakura, uma calma garota de 14 anos de idade. Uma das outras meninas na classe tem recebido mensagens do e-mail de Chisa, e Lain descobre que também recebeu uma mensagem de Chisa. Na mensagem ela explica a Lain que ela apenas abandonou seu corpo. Ela assegura a Lain que ela ainda continua viva no mundo “wired”. Após comprar um novo “Navi” (computador de ultima geração), e adicionar a ele um circuito de nome “psyche”, Lain passa a gastar mais e mais tempo na “wired”. A partir daí Lain parece ter duas personalidades, e a personalidade da wired de Lain parece estar mudando a sua real personalidade. Quem é Lain agora? Quem são os “Knights”? Pode o mundo “wired” influênciar o mundo real com a profecia? O mundo real nada mais é do que um holograma gerado pela “wired”?