O enredo passa-se na Inglaterra dos dias atuais, que ameaçada por criaturas sobrenaturais, é protegida pela Ordem Real dos Cavaleiros Protestantes, a Organização Hellsing. Fundada e comandada pela familia Hellsing há mais de 100 anos, a organização secreta é especializada em combater seres das trevas. Liderada por Sir Integra Fairbrook Wingates Hellsing, dentre seus subordinados estão o mordomo e ex-combatente Walter C. Donez, a novata Seras Victoria e o poderoso vampiro Alucard. Nesse cenário, um conflito entre os protestantes da Hellsing e os católicos da Seção XIII do Vaticano, adiciona-se o renascimento de um velho inimigo, o grupo Millenium, responsável pela criação artificial de vampiros que propagam por todo Reino Unido.