Criançasforam selecionadas para fazerem parte de uma missão secreta, serem pilotos das unidades de combate Fafner, a última chance de sobrevivência para a raça humana. O inimigo é impiedoso, implacável e capaz de ler a mente humana. Por isso, os detalhes da missão são mantidos em segredo até mesmo das pessoas que nela estão envolvidas. Os jovens pilotos devem usar toda a sua coragem e fé para sobreviver e completar a sua missão ou o destino da humanidade pode ser comprometido.