Last Order nos mostra 2 partes importantes da estória do jogo. A primeira é a fuga de Cloud e Zack em direção a Midgar enquanto eram perseguidos pelas tropas da ShinRa. A segunda se passa por meio de "flashbacks" de Tseng enquanto olha uns arquivos, relembrando-se das atrocidades cometidas por Sephiroth em Nibelheim cinco anos antes do início do jogo, após este descobrir certos detalhes de sua concepção e os acontecimentos subseqüentes no reator de energia Mako de Nibelheim.