O nome do protagonista é Daimon Masaru, um estudante de 14 anos do segundo ano colegial, invicto em batalhas. Embora falte habilidade com computadores e tecnologia, seu pai é a autoridade principal no "Mundo Digital" em pesquisa. Masaru encontra o digimon Agumon, que escapou de DATS (Análise Digital e Esquadra de Prova), uma organização secreta do governo. Apesar de terríveis primeiras impressões, os dois tornam-se melhores amigos. Com os outros membros do DATS, o trabalho de Masaru e Agumon é investigar vários incidentes envolvendo os Monstros Digitais no mundo real. Acompanhe Masaru nessa nova jornada onde agora os humanos ameaçam o Mundo Digital.