A história acontece em um futuro próximo. Dez anos antes, criaturas semelhantes à insetos conhecidas como "Mushi" começaram a aparecer. Os Mushis são capazes de consumir os sonhos e pensamentos das pessoas em troca de poderes subrenaturais. Daisuke "Kakkou" Kusuriya encontra uma garota chamada Shiika Anmoto. Os dois logo se tornam próximos. No entanto, Kakkou não sabe que Shiika é uma fugitiva de uma prisão secreta conhecida como "Garden" onde aqueles possuídos pelos Mushis, chamados de Mushitsuki, são mantido. A Agência Executiva Especial de Proteção Ambiental, a força militar do Garden, envia seu melhor assassino para localizar Shiika. Contudo, eles enfrentam a resistência da organização Mushibane, liderada pela misteriosa "Ladybird".