No Sul do Japão, encontra-se a Ilha Minamijuuji. Uma noite, um jovem de nome Tsunashi Takuto chega em uma das praias da ilha. Este jovem, que chegou até a ilha a nado, subsequentemente entrou na Academia Minamijuuji. Dono de uma atitude positiva e otimista, ele facilmente desenvolve relacionamentos com Agemaki Wako, Shindou Sugata, e com várias outras pessoas que ele conhece na Academia. Entretanto, na Academia Minamijuuji existe um grande segredo. Embaixo dela, há 20 Cybodies adormecidos. Nesta ilha que se encontra sobre um céu azul e cercada por mares azuis, uma história de amor, sonhos e amizade começa.