Uma noite, Nanoha, jovem e brilhante estudante, um estranho sonho em que um rapaz é atacado por uma estranha criatura. Devido ao seu enfraquecimento, ele transforma-se num furão. Qual foi sua surpresa quando ela descobriu no outro dia que este não era um sonho! Seu encontro com Yuuno (que é um rapaz de uma outra dimensão) e, em seguida, vai mudar sua vida. Tendo nenhuma confiança na sua coragem ela decidiu ajudá-lo a encontrar a "Jóia Semente" (pedras preciosas para satisfazer qualquer desejo). No entanto, eles também podem ser especialmente perigosos. Mas no caminho, uma outra garota mágica, Fate Testarossa também pretende recolher a "Jóia Semente".