Tokko segue um clima de mistério e suspense focando sempre em Shindou, sua irmã também da polícia Saya, e a tensão que se constrói entre o departamento de Shindou, Tokki, e a organização secreta Tokko, e obviamente, entre Shindou e Sakura. Lentamente as peças do passado e dos eventos que ocorrem no presente vão se encaixando para aprensentar uma realidade aterradora.