Ninja Scroll acontece no Japão antigo e é a história de um guerreiro vagante chamado Jubei. A única coisa mais afiada que sua espada são sua inteligência e coragem. Quando a história começa, há uma praga devastando a zona rural e a aldeia de Shimota, que já foi aniquilada por ela. Um time de Ninjas conhecido como Koga Ninja Team é enviado para investigar as mortes, mas antes que eles pudessem chegar a aldeia são emboscados nas árvores por um inimigo das sombras incrivelmente poderoso e todos são selvagemente mutilados. Exceto um, uma guerreira chamada Kagero. Ela só é levada por seus atacantes para ser salva por nosso herói, Jubei. Ela o agradece e tenta ser forte e indiferente, mas depois que ele parte, a dor de Kagero transparece. Por toda sua vida ela sempre foi tratada como um guerreiro gasto… morando num mundo sem emoção transbordando em dor.