A história ocorre num mundo onde as mulheres lideram a sociedade. Isso tudo graças à invenção da Infinite Stratos, uma poderosa arma que só pode ser equipada por elas, parecido com a de Strike Witches e Sky Girls. Com isso, pouco a pouco, as mulheres começaram a ter seu lugar no exército e na segurança nacional, até que um dia substituíram o papel dos homens na sociedade. Num mundo assim, surge uma exceção: o jovem Orimura Ichika consegue equipar o IS. Ele é forçado a se matricular no colégio de treinamento IS, onde obviamente só existiam garotas até então, e acaba por reencontrar sua amiga de infância. Versao do blu-ray
