Dois mundos existem, sem saber da existencia um do outro. Esses mundos sobrevivem pelo uso do Mana. Os seres mais importantes desse mundo são conhecidos como "Escolhidos". Esses escolhidos devem enfrentar uma jornada perigosa para invocar os Espíritos adormecidos, derrotar os Desian e restaurarem o Mana. Lloyd Irving e seus amigos Collete Brunel, a Escolhida de Sylvarant, e Genis Sage o garoto mais esperto de Iselia, entram em uma jornada junto com Kratos, um misterioso mercenário, e Refill irmã de Genis. Ao longo do caminho eles fazem amigos e descobrem a verdade por trás da Restauração Mundial.