Wild Arms: Twilight Venom conta a história de Sheyenne Rainstorm, um pistoleiro mortífero, aprisionado em um corpo de um garoto de 10 anos. Junto do bandido Kiel Aronakus, uma Dama dos jogos de cartas Loretta Oratio, uma vampira chamada Mirabelle Graceland e uma estranha criatura chamada Jerusha, Sheyenne embarca em uma longa jornada para encontrar quem o aprisionou no corpo de garoto e descobrir o mistério do seu corpo desaparecido.