Kurokami conta sobre um rapaz que é envolvido numa batalha entre um tipo de espírito com superpoderes chamado Mototsumitama. Tudo começa em uma noite quando o protagonista Keita conhece Kuro, um mototsumitama de nível superior com aparência de uma garota sem lar. Por estar passando fome, Keita age gentil e oferece sua comida para Kuro, mas enquanto come sofre ataque de um homem misterioso.