Jyu Oh passa-se num futuro distante onde a Humanidade agora habita outro sistema, chamado Balkan. O anime relata a trajédia de dois irmãos gêmeos, Rai e Thor, que têm os seus pais, duas pessoas influentes no governo, assassinados. Após o assassinato dos pais, os irmãos são abandonados num "planeta-prisão" desse sistema, o planeta Chimera. Em Chimera, Rai e Thor são obrigados a adaptar-se a uma realidade completamente diferente, enquanto buscam pela verdade dos acontecimentos. Num ambiente repleto de fugitivos, prisioneiros e com carnívoras gigantes, ambos lutam pela sobrevivência no planeta e descobrem que a única maneira de se obter o direito de sair do planeta é envolver-se numa série de batalhas com os líders locais, chamados de Tops, e por fim, se tornar o Jyu Oh.