Lovely Complex é uma história de um menino e de uma menina. A menina, Risa Koizumi, tem 172 cm de altura - muito mais alta do que a média de altura de uma menina japonesa. O menino, Atsushi Otani, possui 156 cm - altura abaixo da altura média do menino japonês. Durante a escola de verão, um estudante muito alto (de uma outra classe) maior que Risa aparece e Risa apaixona-se imediatamente por ele, vê nele a chance de um relacionamento já que todos os passados fracassaram por ela ser tão alta. Atsushi também começa a sair com uma garota de quem gosta, enquanto ambos conhecem o amor, descobrem que entre eles há uma grande clima de amor também.