Black Jack é um conhecido doutor "não-licenciado", que tem um passado misterioso. Trabalha com sua pequena assistente Pinoko (que sente uma forte atração pelo doutor), lidando com casos poucos conhecidos, que podem ser estranhos ou muito perigosos. Ele é um homem da ciência, que não crê nas coisas que não vê, embora é frequentemente surpreendido pelo amor. Nesse filme Black Jack é contratado para descobrir uma cura para uma raça de super seres, que com o tempo passam a se deteriorar rapidamente e morrem de forma prematura.