Todo o ano dos últimos 10 anos, nuvens roxas apareceriam, e trouxe graves conseqüências para as pessoas de todo o mundo. Quando o seu vilarejo é atacado novamente, Shu, Kluke, e Jiro lutam contra uma ameaça que foi enviada para matar as pessoas. Entretanto, eles descobrem que essa ameaça era uma estranha máquina. Mas após causarem um leve dano a maquina, ela volta para a sua base, que era um navio, com as três crianças dentro dela. Lá dentro eles se deparam com constantes ataque dos "metal soldiers" até que eles descobriram 3 esferas de energia. Após escutarem uma voz dizendo para eles engolirem as esferas, eles o fazem e descobrem que suas sombras se transformaram em monstros; a sombra de Kluke se torna uma Fênix azul, a de Juri um minotauro azul, e a de Shuu, um Dragão Azul. Assim eles lutaram contra o capitão do navio, Nene, e descobrem que Nene é o responsável por todos os ataques que a sua vila sofreu durante todos esses anos. Ele facilmente derrota as crianças, e essas são colocadas em uma cápsula de emergência. Eles desembarcam em uma terra muito longe de suas, e agora terão uma jornada para voltar para sua vila a tempo e salva-lá. Após a fuga da fortaleza de Nene, as crianças encontram ao longo de sua jornada outras pessoas que também haviam sido vítimas nas mãos das nuvens roxas, e assim decidem que tentarão parar Nene e seus atos que só trazem ruína ao mundo.
