Por algum motivo o administrador do mundo digital, conhecido com Yggdrasil, pretende acabar com o digimundo e criar um novo lugar onde apenas um certo número de digimons selecionados poderão viver. Para realizar tal plano é ativado o X Program, um vírus que irá destruir e reconstruir o mundo. Mas o próprio Digimundo parece ter sentido a ameaça, e como resultado disso começaram a nascer digimons com o fator anti x, que pode anular os efeitos do vírus. Esses digimons são vistos como ameaça pelo administrador e, para eliminá-los, foi espalhado um boato de que os digimons com o fator anti-x trariam caos ao Digimundo. Assim sendo, os seres nascidos com tal fator começam a ser perseguidos, tantos pelos digimons normais quanto por digimons de alto nível, guardiões de Yggdrasil, conhecidos como Cavaleiros Reais.Dentro deste ambiente caótico surge um digimon roxo que aparenta ter uma forma mais evoluída e poderosa do fator anti x e, como você já deve estar imaginando, inicia-se uma enorme confusão em torno desta criatura.