Requiem for the Phantom se passa no submundo mafioso dos EUA e a história têm início quando Zwei, um turista japonês, acidentalmente encontra a vigilante Ein (Phantom) e acaba se envolvendo na organização misteriosa que assassina líderes da máfia local. Preso junto de Phantom, Zwei será treinado para também se tornar uma arma mortífera quando acaba se apaixonando por Ein…