Um destino travado por batalhas... à perdedora: algo pior do que a própria morte. À vencedora: ... não importa o prêmio, nenhuma delas deseja a derrota. Tokiha Mai e seu irmão mais novo, Takumi, receberam um convite para ingressar na prestigiosa Academia Fuuko. Durante a viagem, Mai presencia uma intensa batalha entre duas garotas possuidoras de poderes sobrenaturais e, para sua surpresa, uma delas comenta sobre a Academia Fuuka. Mais surpresa ainda fica quando descobre que também possui um poder similar - poder de uma HiME.