No meio do oceano, surge de repente um grande pilar negro, e mesmo após grandes esforços para sua destruição, permanece de pé… vários anos depois é tido como um monumento turístico. Mesmo assim, um casal de cientistas que costumava fazer pesquisas no estranho lugar desaparecem, e seus filhos Ai e Yu decidem investigar o local onde, numa determinada hora, aparece um trem fantasma que os leva para outras dimensões, pertencentes a um complexo denominado Mundo das Maravilhas, onde cada parada é um determinado mundo totalmente diferente. Como em todo RPG, novos personagens aliados são adicionados a medida que o enredo avança. Dentre eles podemos destacar Lisa, uma mulher bonita e comunicativa; Ru, uma criança metade lobo; Kase, um guerreiro mal encarado que carrega no braço direito uma arma viva chamada DemonGun; Shiroi Kumo, que carrega uma poderosa espada e evoca criaturas usando frascos que ele carrega; e Fabula, uma mulher mística que controla o Mundo das Maravilhas, além de muitos outros!