A história começa com Sonic que ao tentar salvar Cream e Cheese das garras do Dr. Eggman, ativou o poder do Chaos Control, e ele, e os seus amigos Amy Rose, Knuckles, Tails e Cream foram teleportados para um mundo parelelo ao seu, onde eles conhecem os humanos Christopher "Chris" Thorndyke, o seu avô Chuck Thorndyke, e os amigos da escola de Chris, Helen, Danny e Francis.
