Hanabishi Recca é um jovem estudante que sempre gostou de ninjas, e sempre treinou para se tornar num, portanto ele porta-se como um verdadeiro ninja, e diz que se tornará o ninja da pessoa que o conseguir vencer num combate… Duas pessoas estão sempre a lutar contra o Recca, Ishijima Domon, um jovem que só quer demonstrar que é o mais forte da sua escola, e Kirisawa Fuuko, uma amiga de infância do Recca que quer que ele se torne ninja dela… Um dia, o Recca vê uma rapariga na rua a tratar de umas crianças, e decide segui-la, essa rapariga chamava-se Sakoshita Yanagi, e pertence à mesma escola que o Recca, mas ele não tinha percebido, ela estava com as crianças perto de umas obras, quando os cabos que seguravam um monte de tubos metálicos cedem, deixando cair a carga, o Recca viu que esses tubos iam cair mesmo em cima da Yanagi e correu para a salvar, conseguindo, mas levando com os tubos em cima. A Yanagi tem um poder especial para curar terceiros, e assim salvou o Recca. Devido a esse acto por parte da Yanagi, o Recca decidiu tornar-se no ninja dela, e começou a chamá-la por Hime (princesa). Mas os poderes da Yanagi são o alvo de um homem chamado Kurei, e este decide raptá-la… E assim a aventura começa…