A história se passa no mesmo mundo de Chaos;Head e os eventos estão situados cerca de um ano após o incidente em Shibuya. Dessa vez, em Akihabara, será tratada a história de um rapaz que poderá decidir o futuro da humanidade, isso tudo por ter criado a invenção do milênio: um telefone celular capaz de enviar e-mails para o passado.
